Na afronding van zijn studie werkte Hub. Hennekens als ambtenaar in algemene dienst bij de gemeente Vught en Waalwijk. Opvolgend in 1967 werd Hennekens al op vroege leeftijd benoemd tot burgemeester van Nieuw-Vossemeer. Als 29-jarige was hij destijds de jongste burgemeester van Nederland. Vier jaar later maakte hij de overstap naar Cuijk en Sint Agatha, waar hij nog eens zeven jaren als burgemeester functioneerde. Gedurende deze periode schreef Hennekens in de nachtelijke uren zijn proefschrift De openbare weg en het privaatrecht, waarop hij in 1977 promoveerde.
In 1979 volgde zijn benoeming tot directeur Bestuursmiddelen van de Vereniging van Nederlandse Gemeenten, voor Hennekens in 1983 werd gevraagd om Sijward van Wijnbergen op te volgen als hoogleraar Staats- en bestuursrecht aan de Radboud Universiteit. Hennekens werd tijdens zijn hoogleraarschap een bekend gezicht binnen de Nijmeegse rechtenfaculteit. Van 2001 tot zijn pensioen in 2008 was Hennekens tevens lid van de Raad van State.