Lichtmicroscopie

Het Gemeenschappelijk Instrumentarium beschikt over een aantal confocale en widefield-microscopen, een light sheet-microscoop en een stereomicroscoop. Wij beheren en onderhouden deze systemen, assisteren gebruikers bij het opstellen en optimaliseren van toepassingen, en verzorgen trainingen voor onderzoekers/studenten verbonden aan FNWI-onderzoeksgroepen, en op aanvraag ook voor externen. Daarnaast faciliteren wij de kwantitatieve analyse en bewerking van digitale beelden door gebruikers, met behulp van software zoals FIJI/ImageJ (breed inzetbaar), Huygens / Lightning / Thunder (deconvolutie, computational clearing), Imaris (3D-representatie), CellProfiler (analyse-pipelines), etc. Voor intensieve data-analyse stellen wij een op afstand bereikbare server “Spinoza” beschikbaar, uitgerust met de benodigde hardware en software.

Confocale microscopie

Het GI beheert twee omgekeerde confocale laser-scanningmicroscopen (CLSM) met gevoelige puntdetectors, meerdere specifieke lasergolflengtes, en programmeerbare lange-termijnexperimenten (bijv. overnacht, meerdaags). Confocale microscopie is geschikt voor het “optisch segmenteren”, waarmee acquisitie van zeer dunne laagjes in objecten en het 3D-reconstrueren van ruimtelijke structuren mogelijk wordt. Incubatie met temperatuur-, koolzuur- en luchtvochtigheidsregulatie is beschikbaar voor één van de systemen, evenals “Lightning-computational clearing”.

>Meer

Widefield-microscopie

GI beschikt over twee geavanceerde omgekeerde widefield-microscopen die geschikt zijn voor bijv. dunnere monsters of coupes, en die zijn uitgerust met hoogwaardige camera’s om met hoge snelheid grotere gebieden of snelle dynamica op te kunnen nemen. Deze systemen kunnen geprogrammeerd worden om automatisch meerdere en langdurige opnames te maken. Naast filters voor de typische fluorescentiegolflengtes, zijn ze ook uitgerust met fase-contrast, differentïeel-interferentiecontrast- (DIC) en/of polarisatiefilters. Op beide systemen is temperatuurincubatie beschikbaar. Eén widefieldmicroscoop is uitgerust met “Thunder-computational clearing”.

Ten tweede staat er bij ons ook één rechtopstaande widefield-microscoop voor de gebruikelijke fluorescentiegolflengtes alsook brightfield-microscopie, die handmatig bediend moet worden. Deze is uitgerust met een digitale kleuren- en monochroomcamera.

Naast onze specifiek voor widefield bedoelde systemen, kunnen beide confocale microscopen ook vrijelijk naar de widefield-modus omgeschakeld worden, waar met standaard excitatie- en emissiefilters ook epifluorescentiemicroscopie uitgevoerd kan worden.

>Meer

Light sheet-microscopie

Een tweezijdig belichtend light sheet-systeem met 4 typische lasergolflengtes is bij ons opgesteld. Het systeem is specifiek geschikt voor 3D-opnames van o.a. gehele levende of gefixeerde structuren en organismen zoals zebravislarven of jonge planten, voor welke het belangrijk is dat de laserbelichting qua intensiteit en volume geminimaliseerd wordt, en waar sub-cellulaire resolutie minder belangrijk is. De monsters worden altijd ondergedompeld in een buffer op waterbasis. De light sheet-microscoop kan worden gebruikt voor combinaties van tile-scanning, time-lapse en/of rotationele acquisitie.

>Meer

Stereomicroscopie

GI beheert één handmatig bediende stereomicroscoop met digitale camera, die geschikt is voor het opnemen van gehele structuren die groter zijn dan de typische monsters voor confocale- of widefield-microscopie. De dynamische vergroting  is goed voor opnames ter grootte van ongeveer >100 mm tot enkele millimeters.

>Meer

Beeldanalyse

Wij bieden ondersteuning voor digitale beeldanalyse met commerciële en open-source softwarepakketten, evenals het automatiseren daarvan doormiddel van op maat gemaakte korte programma’s (macro’s en pipelines) in de betreffende software. Voor zwaardere of grootschalige analyse is de op afstand bereikbare “Spinoza” server met krachtige hardware op individuele aanvraag voor gebruikers beschikbaar.

>Meer