Beeldanalyse

Het Gemeenschappelijk Instrumentarium (GI) biedt ondersteuning bij datamanagement, digitale beeldverwerking, kwantitatieve beeldanalyse en het voorbereiden van figuren. Dit doen wij voornamelijk met FIJI/ImageJ, waar op maat ook scripts (macro’s) besproken en samengesteld kunnen worden. Een FIJI-cursus voor nieuwe gebruikers wordt ca. 2x per jaar gegeven maar is ook altijd op aanvraag beschikbaar. Ten slotte faciliteren wij ook het gebruik van onderstaande commerciële beeldbewerkingssoftware met de bijbehorende begeleiding.

FIJI / ImageJ

Krachtige open-source freeware met uiteenlopende functies voor beeldbewerking en analyse. Bevat een brede selectie aan plugins en is uit te breiden met plugins naar keuze. Hierin is het mogelijk om zelf, of met ondersteuning van het GI, scripts/macro’s samen te stellen die de analyse automatiseren.

Huygens Essential

Deconvolutie-software van SVI met modules voor deconvolutie van widefield- en confocale opnames, correcties voor chromatische afwijkingen, fluorescence cross-talk, 3D-analyse en image stitching. Geschikt voor het verbeteren van o.a. signaal-ruisverhouding en resolutie in afbeeldingen.

Imaris

3D-reconstructiesoftware voor het genereren van ruimtelijke structuren op basis van fluorescent signaal in microscopische opnames van volumes (bijv. z-stacks), en het samenstellen van animaties of videos van deze 3D-structuren ter presentatie.

Spinoza Server

Krachtige server voor beeldanalyse, op afstand bereikbaar doormiddel van remote-desktop. Windows Server 2019 gebaseerd platform met de bovenstaande software, en beschikkende over hoogwaardige hardware voor massaal-parallele GPU-berekeningen (nVidia CUDA), CPU-berekeningen (Intel Xeon), en bovengemiddeld grote datasets (1 TB RAM).