Moord op het vliegveld - vervolg (1)
Voor de identificatie van de eiwitten wordt het zoekprogramma BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) gebruikt. BLAST is een programma waarmee je een aminozuursequentie kunt vergelijken met alle aminozuursequenties in de database SwissProt. Deze database bevat alle aminozuursequenties die de wetenschap op dit moment kent. Om kennis te maken met BLAST wordt het eerste eiwit met behulp van een stappenplan voorgedaan. Daarna kun je de stappen voor de andere eiwitten zelf uitvoeren om uit te zoeken welk van de vier schuldig is.
Instructie MRS
Open MRS in je browser. Met behulp van screenshots gaan we samen het eerste eiwit onderzoeken. Daarna ga je zelf aan de slag om de andere verdachte eiwitten te analyseren.
Het beginscherm ziet er als volgt uit:
Kies 'BLAST' in het menu (links boven).
Je start hiermee het programma BLAST. Je ziet hieronder het voorbeeldscherm met daarin de aminozuursequentie van het eerste eiwit. De eerste regel moet altijd beginnen met een > met daarachter de naam van het eiwit (dit is het zogenaamde FASTA formaat). Hier is gekozen voor de naam kandidaat1.
Dit is de aminozuurvolgorde van het eerste verdachte eiwit (deze staat al in een FASTA formaat):
>kandidaat1
RPKHPIKHQG LPQEVLNENL LRFFVAPFPE VFGKEKVNEL SKDIGSESTE DQAMEDIKQM EAESISSSEE IVPNSVEQKH IQKEDVPSER YLGYLEQLLR LKKYKVPQLE IVPNSAEERL HSMKEGIHAQ QKEPMIGVNQ ELAYFYPELF RQFYQLDAYP SGAWYYVPLG TQYTDAPSFS DIPNPIGSEN SEKTTMPLW
- Kopieer nu de aminozuurvolgorde van kandidaat1 inclusief titel naar het venstertje
- Zorg ervoor dat 'Databank to search' op 'SwissProt' staat en zorg ervoor dat de optie Filter sequence (low complexity) uitgevinkt is
- Klik op Run BLAST
Je komt nu in het volgende scherm, waar running komt te staan terwijl BLAST bezig is. Als je met veel computers tegelijkertijd bezig bent kan dit eventjes duren (maximaal 5 minuten). Je bent tenslotte een database met honderdduizenden eiwitsequenties aan het doorzoeken!
Als de zoektocht klaar is verschijnt er een balkje met resultaten dat lijkt op hetgeen hieronder is weergegeven (de getallen kunnen veranderen na updates van SwissProt):
Deze output betekent dat er 158 hits zijn gevonden in de database SwissProt. Dat wil zeggen, er zijn 158 eiwitten gevonden waarvan de aminozuurvolgorde lijkt op die van kandidaat1. Hoe hoger het percentage identiteit en hoe kleiner de E‑value, hoe betrouwbaarder het resultaat. Let op: de cijfers die je krijgt kunnen anders zijn dan de getallen uit de screenshots, aangezien de databases constant up-to-date worden gehouden.