Het onderzoek van de Radboud Universiteit is ondergebracht in onderstaande onderzoeksinstituten:
Faculteit der Filosofie, Theologie en Religiewetenschappen
Faculteit der Letteren
Faculteit der Managementwetenschappen
Faculteit der Medische Wetenschappen
Faculteit der Natuurwetenschappen, Wiskunde en Informatica
- Donders Centre for Neuroscience
- Institute for Computing and Information Sciences
- Institute for Mathematics, Astrophysics and Particle Physics
- Institute for Molecules and Materials
- Institute for Science Education
- Institute for Science in Society
- Radboud Institute for Biological and Environmental Sciences
- Radboud Institute for Molecular Life Sciences
Faculteit der Rechtsgeleerdheid
Faculteit der Sociale Wetenschappen
Interfacultair
- Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour (een netwerkorganisatie die bestaat uit DCCN, DCC, DCN, CLS, DCMN en het Max Planck Institute for Psycholinguistics)
Andere onderzoekseenheden
Naast de bovengenoemde onderzoeksinstituten vindt onderzoek plaats in de volgende eenheden:
- Centrum voor Parlementaire Geschiedenis
- KASKI (religie en samenleving)
- Radboud Docenten Academie