Het onderzoek van de Radboud Universiteit is ondergebracht in onderstaande onderzoeksinstituten:
- Research Institute for Philosophy, Theology and Religious Studies
- Radboud Institute for Culture & History
- Onderzoekscentrum Onderneming en Recht
- Research Centre for State and Law
- Institute for Management Research
- Radboud Social Cultural Research
- Centre for Language Studies
- Behavioural Science Institute
- Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour
- Radboud Institute for Molecular Life Sciences
- Radboud Institute for Health Sciences
- Institute for Biological and Environmental Sciences
- Institute for Molecules and Materials
- Institute for Mathematics, Astrophysics and Particle Physics
- Institute for Computing and Information Sciences
- Radboud Teachers Academy
Andere onderzoeksinstituten
Op de campus van de Radboud Universiteit zijn ook enkele onderzoeksinstituten gevestigd met een zelfstandige status. Dit zijn:
- Max Planck Institute for Psycholinguistics
- Centrum voor Parlementaire Geschiedenis
- KASKI (religie en samenleving)