NWI-MOL075
Bioinformatics A
Cursus informatieRooster
CursusNWI-MOL075
Studiepunten (ECTS)3
CategorieBA (Bachelor)
VoertaalEngels
Aangeboden doorRadboud Universiteit; Faculteit der Natuurwetenschappen, Wiskunde en Informatica; Moleculaire Wetenschappen;
Docenten
Coördinator
dr. H. Venselaar
Overige cursussen docent
Examinator
dr. H. Venselaar
Overige cursussen docent
Docent
dr. H. Venselaar
Overige cursussen docent
Docent
dr. H. Venselaar
Overige cursussen docent
Contactpersoon van de cursus
dr. H. Venselaar
Overige cursussen docent
Collegejaar2018
Periode
KW1  (03-09-2018 t/m 04-11-2018)
Aanvangsblok
KW1
Onderwijsvorm
voltijd
Opmerking-
Inschrijven via OSIRISJa
Inschrijven voor bijvakkersJa
VoorinschrijvingNee
WachtlijstNee
Plaatsingsprocedure-
Cursusdoelen

Na afloop van de cursus kan de student:

  • methoden van de bioinformatica in de praktijk toe te passen op biologische, (bio)chemische en biomedische vraagstukken.
  • bioinformatica databases bevragen via het WWW.
  • gevonden eiwitsequenties analyseren, er een (multiple) sequentie alignment mee maken en hiermee kun je trefzeker, weloverwogen en wetenschappelijk verantwoord eigenschappen van het ene eiwit afleiden uit reeds bekende eigenschappen van andere eiwitten.
  • de kennis van de speciale eigenschappen van aminozuren en de wijze waarop die eiwiteigenschappen bepalen toepassen op biologische, (bio)chemische en biomedische vraagstukken
  • de secundaire structuur van eiwitten voorspellen en deze gebruiken bij het oplossen van eiwit sequentie gerelateerde vraagstukken.
  • deelnemen aan de vervolgcursussen: Structure, Function, Bioinformatics (MOL066) (over macromolecular structures), Comparative Genomics (MOL073) (over genomics) and Chemical Discovery and Design (CMBI101B).
Inhoud
  • Gebruik van databases en database search software. Gedegen kennis van de aminozuren, hun fysisch/chemische eigenschappen, en de relatie tussen deze eigenschappen en de structuur en functie van het hele eiwit.
  • Begrip van de significantie van sequentie vergelijkingsresultaten.
  • Secundaire structuur voorspelling en het gebruik van de voorspelde secundaire structuur bij het oplossen van eiwit sequentie gerelateerde vraagstukken.
  • Multiple sequentie alignment software gebruik en interpretatie van resultaten.
  • Gebruik van gedetecteerde sequentie homologen, en (sequentie) databases en bijbehorende software om informatie over een nog ongekarakteriseerd eiwit te verzamelen.
Bijzonderheden
This is the Bioinformatics inntroductory course. In this course the student will learn how to work with data, databases and data structures, How to perform efficient search actions, BLAST, the amino acids, and most important the relation between those amino acids and a protein's structure and function. The course will consists of seminars, response seminars and lots of practical work in which the students will apply their knowledge. The last weeks will consist of a group project.

Toetsinformatie
Written mid-term exam, project report and a final exam.

Voorkennis
Biochemistry (NWI-MOL008A)
This is a course in the theme 'Methods'.

Verplicht materiaal
Handouts
Materiaal wordt tijdens cursus ter beschikking gesteld

Werkvormen
Computerpracticum

Hoorcollege

Project

Zelfstudie

Toetsen
Tentamen
Weging1
ToetsvormTentamen
GelegenhedenBlok KW1, Blok KW2

Groepsopdracht
Weging1
ToetsvormOpdracht
GelegenhedenBlok KW1, Blok KW2