In 1977 startte Peter Nissen op negentienjarige leeftijd zijn kandidaatsopleiding theologie aan de Katholieke Universiteit Nijmegen. Na zijn middelbare school op het Bisschoppelijk College van Roermond had hij eerst een half jaar aan het grootseminarie Rolduc in Kerkrade gestudeerd, en vervolgens zes maanden als postulant in de benedictijnerabdij in Vaals doorgebracht. Maar de lokroep van de wetenschap klonk al snel luider dan de religieuze roeping. Toch kan de zoektocht van de nog jonge Peter Nissen worden gezien als de voorafspiegeling van een worsteling tussen de krachtenvelden waaraan hij zich nog regelmatig onderhevig zou voelen: religieuze gevoeligheid, kerkbetrokkenheid en studieus werk.
Peter Nissen rondt zijn doctoraalopleiding theologie af in 1984 met een scriptie begeleid door Eugène Honée en Jan van Laarhoven. Hij volgt zijn eerste scriptiebegeleider naar de Katholieke Theologische Hogeschool (vanaf 1987 Universiteit) Amsterdam (KTUA) waar Nissen in 1988 cum laude promoveert op een onderzoek naar de soms polemische reacties van katholieke theologen op de doperse beweging in de Nederlanden (1530–1650). Van 1987 tot 1990 is Peter Nissen in dienst als docent bij de Universiteit voor Theologie en Pastoraat (UTP) te Heerlen. Hij ruilt deze positie voor een docentschap aan de priester- en diakenopleiding van het St. Janscentrum in ’s-Hertogenbosch tot 1994. In het kerkelijk gepolariseerd klimaat van die tijd was het voor sommigen een verrassende keuze, temeer daar Nissen alom waardering kreeg voor zijn academisch potentieel. In 1994 wordt Nissen voor een periode van bijna 5 jaar bijzonder hoogleraar Cultuur in Brabant aan de Katholieke Universiteit Brabant. Hij combineert deze functie met een aanstelling als universitair docent en later universitair hoofddocent aan de KU Nijmegen. In omvang worden deze aanstellingen vanaf 1992 gaandeweg groter. Op 1 februari 1998 wordt Peter Nissen gewoon hoogleraar Geschiedenis van het Christendom aan de Faculteit der Theologie van de KU Nijmegen. Van deze faculteit is hij ook decaan tussen 2003 en 2007, een bewogen periode waarin de fusieplannen van de theologische instellingen in Nijmegen, Utrecht en Tilburg deels spaak lopen. In het academisch jaar 2008-2009 keert hij terug naar wat ondertussen de Universiteit van Tilburg heet als hoogleraar Cultuurgeschiedenis van het Christendom. Maar Nijmegen lonkt al snel opnieuw, en vanaf september 2009 wordt hij er voltijds gewoon hoogleraar. De naamsveranderingen van de leerstoelen die hij bekleedt zorgen voor voldoende dynamiek tot zijn vervroegde emeritaat in september 2021; achtereenvolgens ‘Cultuurgeschiedenis van religie, in het bijzonder vanaf de vroegmoderne periode’ (2009); ‘Spiritualiteitsstudies’ (2012) en ‘Oecumenica’ (2018).
De bewogen loopbaan van Peter Nissen illustreert paradoxaal genoeg een aantal onveranderlijke en onderscheidende kenmerken waar niemand ooit aan twijfelde. Hij was een theoloog en kerkhistoricus met een uitzonderlijk brede blik en grote eruditie. Hij combineerde historische gevoeligheid met openheid voor vragen van vandaag. Door academische precisie te laten samengaan met toegankelijk taalgebruik, kon hij een breed publiek bereiken. Omdat hij er ook belang aan hechtte dat theologisch werk blijvend gehoor vond, publiceerde hij regelmatig over thema’s aansluitend op herdenkingen van historische gebeurtenissen, of gaf hij vanuit historisch perspectief commentaar op de context waarin religie vandaag gestalte krijgt. Dat maakte hem tot een veelgevraagd spreker en gewaardeerd commentator bij religieus en kerkelijk nieuws. Zo werd hij soms op straat door mensen herkend van de televisie. In afwachting van witte rook kon hij met zijn kennis zinvol dagdelen volpraten. Als erkenning voor zijn publieke bijdrage aan maatschappelijk debat werd hij in april 2006 geridderd in de Orde van de Nederlandse Leeuw. Maar zijn kennis gaf Nissen in eerste instantie genereus door aan talloze studenten. Hij begeleidde 39 promoti met wie hij blijvend warme relaties onderhield, en die omgekeerd allemaal erg op hem waren gesteld: 34 in Nijmegen, 4 in Tilburg en één in Utrecht. Zes promovendi moeten van hun beoogd promotor afscheid nemen nog voor hun verdediging kan plaatsvinden. Peter hield van de Nijmeegse Universiteit, van het vakgebied en van de mensen die erin betrokken waren. Hij maakte desgevraagd tijd voor iedereen, ook voor diegenen die anderen al lang vergeten waren.
De professionele loopbaan van Peter Nissen is in sommige opzichten ook de weerspiegeling van zijn religieuze bewogenheid, en bij momenten onrust. Ontelbare keren gaf hij overwegingen in kerkelijke diensten, vooral voor katholieke geloofsgemeenschappen. In 2010 werd hij ‘vriend’ van de Remonstrantse Broederschap waarvoor hij na het afleggen van het kerkelijk examen predikant werd in Oosterbeek van 2015 tot 2019. In 2021 keerde Nissen terug naar de katholieke kerk die hij zijn emotioneel thuis noemde. In oktober 2024 legde Peter de belofte af als oblaat van de Sint-Willibrordsabdij in Doetinchem. En om de cirkel helemaal rond te maken droomde Peter ervan om in de laatste jaren van zijn leven zijn intussen bejaarde leraar van de middelbare school, pastoor Chrit Willems, op te volgen in het vroeg Romaanse Dionysiuskerkje van Asselt, op wandelafstand van zijn geboorteplaats Swalmen. Niet als priester, maar als voorganger in gebedsvieringen: zoekend naar de betekenis van de aardse dingen; en voldaan van de kennis van oorsprong en bestemming die te vinden is in God. Zo zou hij tot rust komen. Want rusteloos zoekt ons hart, tot het rust vindt in U (inquiestum est cor nostrum, donec requiescat in te).
Het medeleven van de Faculteit gaat uit naar zijn echtgenote Joyce Nissen-Janssen, hun drie dochters Walijne, Hadewych en Lidewij en naaste familie, vrienden, en allen die Peter Nissen dierbaar waren.
De uitvaart vindt plaats op zaterdag 14 februari 2026 om 11.00 uur in de Effata Dominicuskerk, Prof. Molkenboerstraat 7, 6524 VA Nijmegen.