‘Mijn onderzoeksinteresses liggen op het vlak van internationale economie, ontwikkeling, gezondheid en onderwijs,’ aldus Wagner. ‘Ik ben specifiek geïnteresseerd in gegevens gebaseerd sociaalwetenschappelijk onderzoek in de sfeer van Economics+ van de Radboud Universiteit.’ Wagner heeft deelgenomen aan diverse effectbeoordelingsprojecten in Afrika en Azië, onder andere op het gebied van volksgezondheid, tests en advies voor mensen met HIV, goed bestuur, integriteit van de politie en programma's voor de plattelandsinfrastructuur. Ze past experimentele en quasi-experimentele econometrische technieken toe om de effectiviteit van programma’s te beoordelen.
Een terugkerend thema in het onderzoek van Wagner is gender en de versterking van de positie van vrouwen. Zo onderzocht zij betalingen van bruidsschatten, polygynie, genitale besnijdenis van vrouwen en gendervooroordelen in onderwijsevaluaties of onder politieagenten. Haar artikel getiteld ‘Female genital cutting and long-term health consequences -- Nationally representative estimates across 13 countries’, gepubliceerd door het Journal of Development Studies, won in 2016 de Dudley Seers Memorial Prize. Het is de eerste analyse op grote schaal van genitale besnijdenis die niet alleen oog heeft voor de gevolgen voor gezondheid, maar ook voor sociale aspecten zoals huwelijkskansen.
