dr. C. Logie (Colin)

Tijdens mijn promotiewerk met Francis Stewart op het EMBL, ontwikkelde ik het eerste prototype van een ligand-afhankelijk DNA-recombinase ooit. Dit vormde de basis voor omgekeerde genetica benaderingen die in de loop van de afgelopen decennia op grote schaal bij muizen zijn gebruikt.

Als postdoc bij Craig Peterson te UMASS heb ik thet schimmel SWI/SNF complex en een virus transcriptieactivatiedomein met een nucleosoomarray opgemaakt van zee-egel-DNA en kuiken histon-octameren gereconstitueerd. Dit toonde een diep geconserveerd eukaryotisch genactivatie mechanisme aan.

Tegenwoordig tracht ik te begrijpen hoe chromosomen in de kern van eukaryote cellen worden gevouwen en hoe transcriptieregulatie in deze context plaatsvindt. Dit onderzoeksgebied wordt ook wel epigenetische regulatie genoemd.

Een bijzondere interesse gaat uit naar de studie van chromatinegrenzen. Dit zijn cis-werkende DNA elementen die een enhancer of een promotor kunnen beperken tot een chromosoomgebied dat vaak een topologisch geassocieerd domein (TAD) wordt genoemd.

Om genregulatie te bestuderen, worden embryonale stamcellen, hematopoëtische stamcellen en myeloïde cellen blootgesteld aan glucoccorticoïden om de basis te onderzoeken van de celspecifieke activeringsroutes van doelwitgenen van de glucoccorticoïde receptor op moleculair niveau, evenals het begrijpen van de wisselwerking tussen glucocorticoïde signalering en aangeboren immuniteitstraining en tolerantie, die belangrijke aspecten van gezondheid op celniveau voorstellen.

Andere onderzoeksinteresses omvatten ATP-afhankelijke nucleosoom-remodellers en de vele covalente histon-modificaties, waaronder H3K56ac dat mijn team in 2005 ontdekte.

Tot slot werk ik met veel plezier samen met het internationaal Gene Ontology-consortium aan genregulatie annotatie ontwikkeling.